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Plataforma de Metabolómica

Plataforma de Metabolómica

La Plataforma de Metabolómica es un servicio de análisis que forma parte de las infraestructuras creadas en el Campus de Excelencia Internacional UAM+CSIC, en torno al área de Biociencias, para el desarrollo de las ciencias ómicas

 

 

Oferta Científico-Técnica del CSIC

La Plataforma forma parte de la oferta Científico-Técnica del CSIC, a través de su Catálogo de Prestaciones. El funcionamiento de la Plataforma se financia con los fondos generados mediante los servicios que presta a los usuarios (grupos de investigación, entidades públicas, empresas, etc)

 

 

Laboratorio

Nuestro laboratorio posee los equipos más modernos para el estudio de muestras biológicas, por medio de técnicas cromatográficas, tanto líquida (UHPLC) como gaseosa (GC), así como su conservación, su manipulación y su posterior análisis

 

GC-MS alta resolución

Para la realización de esta técnica cromatográfica, la Plataforma de Metabolómica dispone del equipo UHD Accurate-Mass Quadrupole Time-of-flight (Q-TOF) LC/MS System (modelo 6540), de Agilent Technologies

 

UHPLC-MS alta resolución

Para la realización de esta técnica cromatográfica, la Plataforma de Metabolómica dispone del equipo Accurate-Mass Quadrupole Time-of-flight (Q-TOF) GC/MS System (modelo 7890B), de Agilent Technologies

 

La Plataforma de Metabolómica es un servicio de análisis que forma parte de las infraestructuras creadas en el CEI UAM+CSIC, en torno al área de Biociencias, para el desarrollo de las ciencias ómicas (Plataformas de Genómica, Proteómica y Metabolómica).

 

 

 

La Plataforma de Metabolómica se encuentra situada en el Instituto de Investigación en Ciencias de la Alimentación (CIAL) y tiene como principal objetivo proporcionar herramientas y procedimientos avanzados para el estudio del conjunto de metabolitos existentes en un determinado sistema biológico y así obtener información de los mecanismos celulares a nivel molecular.

La Plataforma de Metabolómica forma parte de la Plataforma Proteómica-Metabolómica (CEI-UAM+CSIC). El hecho de disponer de una Plataforma de Proteómica y otra de Metabolómica en el mismo campus va a permitir desarrollar y ofrecer a la comunidad científica un abanico de tecnologías de última generación. Estas tecnologías «ómicas» requieren de un equipamiento de altas prestaciones y por su complejidad técnica exigen de una alta especialización, lo que hasta la fecha no ha estado disponible en el campus.

Dr. Alejandro Cifuentes Gallego (Director Científico)
Email: a.cifuentes@csic.es
Despacho: D3.11
Teléfono: 910017955 (Ext. 439455 / 439491)

Carlos A. Cuellar Martín (Personal Técnico)
Email: carlos.cuellar@csic.es
Laboratorio: L1.G
Teléfono: 913306851 (Ext. 439497)

 

Laboratorio

Nuestro laboratorio posee los equipos más modernos para el estudio de muestras biológicas, por medio de técnicas cromatográficas, tanto líquida (UHPLC) como gaseosa (GC), así como su conservación, su manipulación y su posterior análisis.

Durante el periodo 2018-2019, la Plataforma de Metabolómica del CIAL ha experimentado un gran avance en cuanto a su infraestructura científico-técnica gracias a la consecución de un nuevo proyecto dentro del Fondo de Ayuda para Servicios Científico-Técnicos del CSIC. Se han actualizado todos los paquetes de software informático, tanto de control de los instrumentos científicos como de análisis de datos, se han implementado tres nuevos servidores informáticos con potencia suficiente para realizar estos análisis, junto con otros dos servidores de almacenamiento de datos y, además, se ha reforzado el proceso de preparación y conservación de las muestras.

Este aporte financiero ha permitido la adquisición del siguiente equipamiento:

  • Equipamiento informático:
    • Software: Actualización y adquisición de nuevos programas informáticos licenciados.
    • Hardware: Implementación de tres estaciones de trabajo para análisis masivo de datos y dos servidores de almacenamiento de datos.
  • Instrumental técnico:
    • Ultracongelador para -80º C.
    • Sistema de secado de muestras: Concentrador Speed-Vac.

La Plataforma de Metabolómica CIAL forma parte de la oferta Científico-Técnica del CSIC, a través de su Catálogo de Prestaciones. El funcionamiento de la Plataforma de Metabolómica se financia con los fondos generados mediante los servicios que presta a los usuarios (grupos de investigación, entidades públicas, empresas, etc), el objetivo es mantener la autofinanciación; esto también ha permitido la adquisición de equipos menores que facilitan y mejoran el servicio ofertado.

 

UHPLC-MS alta resolución

Para la realización de esta técnica cromatográfica, la Plataforma de Metabolómica dispone en el laboratorio del equipo UHD Accurate-Mass Quadrupole Time-of-flight (Q-TOF) LC/MS System (modelo 6540), de Agilent Technologies.

 

GC-MS alta resolución

Para la realización de esta técnica cromatográfica, la Plataforma de Metabolómica dispone en el laboratorio del equipo Accurate-Mass Quadrupole Time-of-flight (Q-TOF) GC/MS System (modelo 7890B), de Agilent Technologies.

Servicios

La Plataforma de Metabolómica ofrece asesoramiento científico y asistencia a todos los miembros de la comunidad científica, dentro y fuera del campus UAM+CSIC, así como a empresas que lo soliciten.

Dentro de estos servicios, destacan:

  • Asesoramiento técnico.
  • Preparación de muestras.
  • Desarrollo de protocolos para su análisis.
  • Determinación cualitativa y cuantitativa de metabolitos y/o familias de metabolitos mediante:
    • Obtención de perfiles metabólicos.
    • Realización de análisis diferencial.
  • Procesamiento de datos mediante:
    • Detección de picos.
    • Filtrado de ruido.
    • Normalización.
    • Análisis multivariante.
    • Identificación tentativa de metabolitos desconocidos por comparación con bases de datos, etc.

Consultas externas

 Durante el período 2018-2019, la Plataforma de Metabolómica del CIAL ha recibido más de 30 consultas externas, tanto de varias empresas como de instituciones nacionales e internacionales. Algunas de estos son:
  • Nacionales:
    • Hospital Puerta de Hierro (Madrid).
    • Hospital de Bellvitge (Barcelona).
    • IMDEA Alimentación (Madrid).
    • Instituto de Ganadería de Montaña (León).
    • Centro Nacional de Microbiología (Madrid).
    • INIA (Madrid).
  • Internacionales:
    • Centro de desarrollo de productos bióticos-IPN (Sinaloa, México).
    • National University of Jinju (Jinju, Corea del Sur).
    • School of Agriculture and Food Science, UCD of Dublin (Dublín, Irlanda).

Ensayos

Durante el periodo indicado previamente, se llevaron a cabo 16 ensayos metabolómicos completos, que incluyen el análisis de diferentes muestras biológicas (sangre, orina, heces, extractos de plantas, etc.) para determinar sus perfiles metabolómicos. Algunas de estos ensayos fueron:

 

2019

  • Estudios metabolómicos realizados mediante UHPLC-Q/TOF MS:
    • Estudio comparativo del perfil metabolómico de larvas de Drosophila melanogaster con diferentes condiciones genéticas.
    • Análisis de muestras procedentes de plasma de cordero para la obtención de los perfiles metabolómicos comparativos mediante UHPLC‐MS. Existen dos grupos diferenciados, que se corresponden con individuos que consumen mayor cantidad de alimento en relación con la cantidad de leche que producen, frente a otros individuos que consumen menor cantidad de alimento con similar producción.
    • Estudio metabolómico dirigido, mediante uHPLC-MS Q/TOF y GC-MS Q/TOF, a partir de muestras de extractos de origen vegetal.
    • Estudio metabolómico no dirigido sobre muestras de plasma y leche procedentes de ganado ovino. Análisis de metabolitos mediante uHPLC‐MS Q/TOF.
    • Estudio no dirigido, mediante UHPLC-MS y GC-MS, de muestras de extractos de cannabis.
    • Estudio para la obtención de los perfiles metabolómicos comparativos mediante UHPLC-MS de muestras de vegetales sometidas a exposición a mercurio en suelos. Se analizaron siete variedades de plantas, dentro de éstas se diferencian cuatro circunstancias diferentes: raíz control, raíz exposición Hg, hoja control y hoja exposición Hg.
  • Estudios metabolómicos realizados mediante GC-Q/TOF MS:
    • Estrategia integrada para la extracción y elaboración de perfiles de metabolitos bioactivos de semillas de Passiflora mollissima. Estudio del potencial antiproliferativo de los extractos de subproductos de frutas.
    • Estudio no dirigido, mediante UHPLC-MS y GC-MS, de muestras de extractos de cannabis.

2018

  • Estudios metabolómicos realizados mediante UHPLC-Q/TOF MS:
    • Análisis de muestras de sangre y orina procedentes del proyecto AGL2014-53609-P obtenidas tras colaboración con IMDEA.
    • Estudio del perfil fitoquímico de extractos polares de residuos frutícolas de M. indicaP. peruviana y P. mollissima obtenidos empleando líquidos presurizados.
    • Análisis de procianidinas de cacao procedentes de ensayos de digestión in vitro para el estudio de biodisponibilidad en fórmulas encapsuladas.
    • Estudio metabolómico de células HT-29 tratadas diferencialmente con extractos de M. indicaP. peruviana y P. mollissima empleando UHPLC-MS (Q-TOF) y GC-MS (Q-TOF).
  • Estudios metabolómicos realizados mediante UHPLC-Q/TOF MS:
    • Análisis de compuestos terpénicos, furanocumarinas y alcaloides en extractos de Ruta graveolens obtenidos mediante fluidos supercríticos y PLE.
    • Análisis del perfil fotoquímico de extractos de callos de romero obtenidos mediante maceración.
    • Estudio del perfil fitoquímico de aceites y grasas de residuos frutícolas de M. indica y P. mollissima obtenidos empleando líquidos presurizados.

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