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Servicios de la Plataforma de Metabolómica

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Tratamiento de la muestra

- Fluidos biológicos: plasma, suero, líquido cefalorraquídeo, orina, saliva, etc. (desproteinización, ultrafiltración, extracción en fase sólida).
- Cultivos celulares (ruptura celular mediante ciclos de congelado-descongelado rápido y molienda con bolas de vidrio).
- Plantas, tejidos (extracción con disolventes).

    viales

Análisis metabolómico "no-dirigido" mediante LC-Q/TOF MS 

Análisis metabolómico “no-dirigido” de muestras biológicas complejas empleando las plataformas analíticas UPLC-Q/TOF y nanoLC-Q/TOF. El objetivo es cubrir de la manera más completa posible  el metaboloma de una determinada muestra. Se trata de uno de los princil¡pales retos en Metabolómica debido fundamentalmente a la gran variedad de estructuras químicas y el alto intervalo dinámico de concentraciones de los metabolitos en las muestras biológicas. Se puede mejorar la cobertura metabólica empleando distintos modos de extracción de metabolitos y técnicas analíticas. 

lc-ms

Análisis “dirigido” mediante LC-Q/TOF MS

Análisis dirigido mediante LC-Q/TOF MS de familias de metabolitos.

Procesado de los datos

Objetivo: Identificación de picos con señales m/z and tiempo de retención únicos, cuya expresión se encuentra modificada significativamente, e identificación de los metabolitos corespondientes a esas señales.

Se ofrece un procesado de los datos preliminar:

4.1. Extracción de los datos crudos (cromatogramas LC-MS) para cálculos y representaciones gráficas posteriores. Formatos de los datos LC-MS: csv, tsv, xls, xlsx, mzData.

4.2. Procesado de los datos: búsqueda de picos, filtración de ruido de fondo, alineamiento de los tiempos de retención, , normalización. Se obtendrá una atriz de datos con los picos alineados correspondientes a todas las muestras. Formato de los archivos: csv, tsv, xls, xlsx.

4.3. Análisis multivariente básico.

4.4. Identificación tentativa de metabolitos mediante comparación de masas exactas experimentales y teóricas empleando basas de datos como METLIN, y perfil isotópico Mass Hunter.

4.5. Acceso al software disponible en la estación de trabajo: Mass Hunter, Mass Profiler Proffessional, XCMS, mzMine, IDEOM.

data processing

OpenAccess:

- Tratamiento de la muesta, extracción de metabolitos. Almacenamiento de muestras.

- Acceso a los programas informáticos (ver punto 4.5).